临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨

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《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》及团体标准T/SZGIA 4—2018《临床单基因遗传病基因检测报告规范》对临床基因检测报告的内容提出了统一的要求。

正文部分为必不可少的内容，应包含检测机构信息、受检者信息、检测方法、检测结果、结果解释及遗传咨询等内容；而报告的附录部分呈现的信息则包含对检测的补充信息，如测序相关参数、与结果相关的临床表型信息、变异位点Reads图，Sanger测序图等，供临床医师和遗传咨询师参考。

需要特别注意的是，应在报告中对结果提出遗传学解释和咨询意见，以供临床医师和受检者参考，辅助临床诊断及生育指导。实验室或第三方检测机构出具的报告应采用T/SZGIA 4—2018标准对报告进行规范，以有助于报告在不同的机构之间的互认。

3.2 遗传咨询过程

3.2.1 遗传咨询前

遗传咨询师需仔细审查、复核基因检测的结果，需结合先证者的临床表型、系谱图、影像学等信息，依据临床提供的表型初步评估检测结果是否能够解释先证者的表型，并进一步对结果进行确认。

若检测结果无法解释先证者的表型，则需要预先分析和列出可能的原因，以及可能采用的解决方法，如补充其他检测、确认临床表型描述的准确性等。列出遗传咨询提纲，涵盖遗传咨询要点及可能遇到的挑战（如意外结果、临床意义未明变异的产前诊断咨询）及对策。必要时可组织疑难病例讨论会，确定遗传咨询预案。

3.2.2  遗传咨询中

遗传咨询师应清晰、客观、无倾向地传达检测结果，根据咨询对象的教育背景及理解能力，尽量用通俗易懂的语言进行遗传咨询，并及时向咨询对象确认是否理解讲述的内容。

在咨询过程中，应注意对象的心理和情感变化，及时回应和调整策略。对于意外或次要发现结果的遗传咨询，需要考虑亲属可能患病的风险，告知受检者与高风险亲属分享检测结果的意义和重要性。由于可能涉及伦理问题，必要时可向所在机构的伦理或法律团队寻求指导和帮助。

3.2.3 三类检测结果遗传咨询的要点

（1）阴性结果

告知阴性结果的意义（不能完全排除遗传学病因）、检测范围和局限性、残余风险和后续检测方案推荐及意义等。

（2）意义未明结果

告知结果的意义（不能确定致病原因）、后续家系验证的意义及局限性、残余风险和功能研究分析等科研方案的可能性等。

（3）阳性结果

a）阳性结果的判断标准及解释；

b）结合家族史、病史、检测结果，根据具体情况，解释结果的临床意义；

c）再发风险的评估；

d）告知是否需要对家系其他成员检测；

e）疾病治疗进展或疾病预防及生育指导；

f）若需要，推荐临床专科医师或专家。

3.2.4 遗传咨询后

酌情制定受检者健康管理的随访计划，需要获得当事人的知情同意。

随访内容可能包括：

（1）遗传咨询后临床诊断的再确认信息反馈。

主要是指临床医师针对阳性检测结果提示的遗传病疾病类型或某一亚型与临床表型、已有的临床检测结果匹配评估，最终确定临床诊断。收集临床的反馈信息将有助于积累和丰富现有的疾病表型与基因变异相关的数据信息，增加临床医师和第三方检测机构的遗传咨询师的经验，最终使后续受检者从中获益；

（2）推荐补充检测的实施情况及结果反馈。

主要是指咨询时所做的检测结果为阴性或无法解释病因时，根据现有的检测技术和对疾病的认识，可能采取其他方法进一步寻找病因。回访这些信息有助于了解先证者的病因，为下一次遗传咨询及后续的生育指导做准备；

（3）后续或长期的随访计划。

对于意外发现、一些具有临床异质性及外显不全的疾病，受检者的表型可能因年龄限制未完全表现，或者对一些有家族史的受检者，在获得当事人同意的情况下，对家系成员的表型或受检情况有必要进行随访。其意义除对受检者本人或家庭成员的健康管理有帮助外，对于受检者的生育决策意义重大。

3.3 不同检测结果的遗传咨询解读

3.3.1 检出与先证者表型相关且符合遗传模式的致病/疑似致病变异

此类检测结果可能构成先证者的病因。医师应结合临床症状与基因检测的结果对先证者进行确诊。根据咨询的目的、咨询者与先证者的关系给出相应指导，告知咨询者相应疾病是否有针对性疗法，并评估生育风险及产前诊断/植入前胚胎遗传学诊断（PGD）的选择。

这类情况包括：

（1）对于常染色体显性遗传病，检出杂合致病/疑似致病变异。

先证者生育受累后代的风险为1/2，若有生育需求，可考虑适合自身境遇的生育选择。先证者父母验证未携带致病/疑似致病变异，父母再生育患儿的风险较低，但不能排除父母生殖腺嵌合突变再生育患儿的可能；先证者的父母一方（同为患者）也检出与先证者相同的杂合致病/疑似致病变异，则父母再生育受累后代的风险为1/2。父母若有生育需求，可考虑适合自身境遇的生育选择。

（2）对于常染色体隐性遗传病，检出致病/疑似致病的纯合或复合杂合变异。

先证者父母多为致病/疑似致病变异的携带者，再生育受累者几率为1/4；若先证者本人有生育需求，建议对其配偶进行相应基因的携带者检测，以评估其生育风险。

（3）对于X染色体连锁遗传病，男性检出半合子变异、女性检出杂合子变异。

若男性患者的母亲检测到变异，则母亲再生育男孩有1/2的风险受累，女孩有1/2的风险为携带者。男性患者生育的儿子均正常，而女儿均为携带者。由于X染色体的随机失活机制，女性携带者有可能出现疾病相关的症状，症状一般较男性患者轻。部分X染色体连锁遗传病呈显性遗传倾向，女性杂合子即为受累者，女性杂合子生育的儿子或女儿均有1/2的风险受累。

（4）对于线粒体遗传病检出的同质性/杂质性变异。

若患者为男性，则后代均不受累；若患者为女性，则后代均有线粒体DNA变异，其患病风险因变异线粒体DNA的丰度而异，可能发病，也可能不发病，发病的时间也不确定。

3.3.2 检出与先证者表型相关、不符合遗传模式的致病/疑似致病变异

在常染色体隐性遗传病，只检出一个与表型相关的致病/疑似致病变异等位基因，先证者为该变异的携带者；若先证者的症状高度符合该基因相关疾病的表型，则不排除先证者为该基因的变异所致，在该基因上还存在另外一个致病性等位基因未被发现，可考虑进一步检测分析。若先证者有生育需求，应建议其配偶进行相应基因的检测，排除携带的可能，进而评估其生育风险。

3.3.3 检出与先证者表型相关且符合遗传模式的意义未明变异

此类检测结果提示该基因可能构成先证者的病因，需结合临床症状与家系情况进一步分析变异的致病性，应告知不建议针对意义未明变异进行生育选择。

此类情况包括：

（1）对于常染色体显性遗传病，若检出意义未明变异，应建议进行该变异的家系验证。若变异在家系多个患者中与症状共分离，或变异被证实为新发突变且先证者无相关疾病家族史，则该变异构成先证者病因的可能性高，因此需要结合家系结果进一步评估，确定该变异致病性是否可上升至致病/疑似致病。若该变异来源于先证者表型正常的父亲或母亲，则该变异构成先证者病因的可能性低，但需复核该显性遗传病是否存在延迟外显或外显不全等情况。

（2）对于常染色体隐性遗传病，检出意义未明变异。若经家系验证，一个意义未明变异与另一个致病性变异构成复合杂合子，则应结合家系结果进一步评估，确定该变异致病性是否可上升至致病/疑似致病。

（3）对于X连锁遗传病，男性患者检出意义未明变异，或女性患者为杂合子，应建议进行家系验证。若有疾病家族史且该变异在家系多个患者中与症状共分离，则该变异构成先证者病因的可能性高。反之，若经家系验证在表型正常的母系男性血亲中检出，则该变异构成先证者病因的可能性低。

3.3.4 检出与先证者表型相关但不符合遗传模式的意义未明变异

此类检测结果未能解释受检者的病因，是因为对于常染色体隐性遗传病，应检测到两个致病性等位基因，只检出一个杂合的意义未明变异则无法判断。若先证者的症状高度符合该基因所致疾病的表现，则不排除先证者在该基因未检测到的区域还存在另一个致病变异，可考虑用其他方法或扩展检测范围进一步检测分析。

3.3.5 未检出与先证者表型相关的任何变异

检测范围内未检出与先证者表型相关的致病、疑似致病或意义未明变异，则此次检测无法解释先证者的病因。若所采用的方法仅能检测某种或某类特定疾病的有限基因，可考虑采用全外显子测序，进一步扩大检测范围排查遗传因素。若先证者所进行的是全外显子组或全基因组检测，则提示致病性变异可能超出测序方法的检测能力，为拷贝数变异或倒位、易位所致，或者由遗传因素导致的可能性较低，但不能排除目前认知范围以外的遗传因素导致疾病的可能。

3.3.6 检出与先证者表型不相关但可能产生疾病后果的致病/疑似致病变异

此类属于经检测前咨询和知情同意书约定报告的意外发现，与先证者主诉症状无关，但提示先证者有患某种疾病的风险，应建议临床医师详细检查先证者是否出现相关疾病的症状。对于一些延迟外显或外显不全的疾病，应提示先证者定期接受相关的临床检查，规避疾病诱发因素，可建议先证者接受医师的随访。若先证者/先证者家属有生育需求，需结合检出基因相关疾病的特点（症状严重程度、外显率、发病年龄等）进一步评估，与先证者/先证者家属充分沟通和知情同意，由先证者/先证者家属决定是否根据相关疾病进行生育选择。

3.3.7 检出与先证者表型不相关的致病/疑似致病变异携带（隐性遗传疾病）

此类属于经检测前咨询和知情同意书约定报告的意外发现，与先证者主诉症状无关，先证者为相关疾病的突变携带者，存在生育风险。这类情况包括：（1）对于常染色体隐性遗传病，先证者为致病变异携带者，应建议其配偶行相关基因的检测，排查携带情况，若配偶同为携带者的情况，有1/4几率生育该病受累者；（2）对于X染色体连锁隐性遗传病，女性检出为致病性变异的携带者，生育风险为男性胎儿有1/2几率为受累者，女性胎儿有1/2几率为携带者，由于X染色体的随机失活机制，女性携带者有可能出现疾病相关的症状。

4. 后续跟踪随访

建立检测后跟踪回访机制，相关数据形成文档，必要时可对报告意义未明的结果或原始测序数据进行回顾分析，需要在征得受检者或监护人知情同意的情况下进行。

临床随访与数据重分析一般由送检/主治医师与受检者根据临床诊治的需求发起，与第三方检测机构协商进行。大型的后续跟踪回访则建议采取医院主导、第三方检测机构参与的方式，指定专业人员或小组，对阳性病例进行随访。

短期随访主要指对补充检测咨询建议的实施情况及结果反馈。长期随访更注重于对临床表型监测反馈、阴性检测结果的阳性病例致病原因分析的再判定。频率可每半年或一年一次，随访内容和随访单需规范格式，分为文字记录和影像学记录（尤其针对随访中出现新的临床症状或病情进展的受访者）两部分，具体内容包括临床表型（表型描述、发生时间、进展情况等）、治疗情况（治疗方案、治疗时间及频次、治疗效果等）、临床辅助检测结果（临床辅助检测项目、结果描述、检测的时间等）。

第三方检测机构在共享回访数据的同时，对于部分案例临床医师提出的原始数据再分析或报告中某些临床意义未明变异的致病性再判定，或应用新的检测方法如全基因组测序再检测等需求，可根据短期或长期规划进行重分析或再检测，同步完善基因和表型相关的匹配信息共享给医院，必要时可由医院方医师告知新的分析结果或新的检测信息给受检者或其家人，指导其下一步的健康管理计划。

5. 检测活动应遵循的相关政策

5.1 监管制度

（1） 中华人民共和国发展和改革委员会（发改委） 发改委从宏观上制定基因检测产业的发展规划，一些地方的发改委会细化基因检测产业在地方的发展规划，并参与部分基因检测项目的定价。

（2）中华人民共和国卫生与健康委员会（卫健委） 卫健委主要对开展基因检测机构进行审查和规范，具体由三个部分监管，分别是医政医改局、妇幼局、临检中心。其中医改医政局拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务等行业管理政策规范、标准并监督实施，先后发布遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断、肿瘤诊断与治疗这4个专业的首批基因测序试点名单。妇幼司则针对产前检测在医政医改局试点名单的基础上增加了108家医疗服务机构开展无创产前检测（non-invasive prenatal testing，NIPT）高通量测序技术临床试点，并审核通过13家机构开展植入前胚胎遗传学诊断试点。临检中心的职责是承担临床检验质量管理与控制工作，运行全国临床检验室间质量评价计划，建立、应用临床检验参考系统，对基因检测服务的医学实验室进行评估和验收。

（3）中华人民共和国国家食品药品监督管理总局（China Food and Drug Administration，CFDA） CFDA对基因检测产业链的仪器、试剂、分析软件进行监管。在高通量测序方面，CFDA先后批准了几款应用于特定项目的基因测序仪和检测试剂，但在遗传病的检测方面，试点单位大多仍在以自制试剂（laboratory developed tests，LDTs）的形式开展检测。

5.2 技术的监管

高通量测序临床服务制定了限制政策，只有试点单位才能出具临床报告。其他的基因检测技术，如PCR、Sanger测序等的使用则没有限制，临检单位只要通过了PCR实验室认证就可以应用这些技术并出具临床报告。

5.3 机构的监管

医政医改局和妇幼司发布的高通量测序技术临床试点单位，卫健委批准的“个体化医学检验试点单位”以及一些地方卫生部门批准成立的检验所，这些机构可以发送临床检验报告，其他的测序服务机构也能以科研报告的形式提供检测服务（规避医学检验的限制）或者与试点医院成立联合实验室，开展基因检测服务。

5.4 医学伦理

整个检测过程应遵循公正、有利、尊重、不伤害的伦理准则，在检测前进行充分的知情同意并进行数据标准化处理，整个检测活动及数据分析、报告发送环节需建立管理系统/制度，保证数据安全，防止数据外泄，数据分析和报告的发送过程应权衡受检者健康利益和不知情权，同时尊重受检者的“不知权”。

基因数据使用涉及的公约、指南、法律法规主要包含：

《国际人类基因组数据宣言》2003 联合国教科文组织

《涉及人的健康相关研究国际伦理准则》2016 国际医学组织理事会&世界卫生组织

《中华人民共和国网络安全法》2017（全国人大常委会）

《人类遗传资源管理暂行办法》1998（科技部）

《人类遗传资源采集、收集、买卖、出口、出境审批行政许可事项服务指南》2015（科技部）

《国家健康医疗大数据标准、安全和服务管理办法（试行）》2018（卫健委）

《涉及人的生物医学研究伦理审查办法》2016（卫健委）

《医疗机构病历管理规定》2016 （卫健委）

《信息安全技术公共及商用服务信息系统个人信息保护指南》2012（工信部）

《药物临床试验质量管理规范》2003（CFDA）

《通用数据保护条例》2018（欧盟）

《健康保险携带和责任法案》2000（美国）

5.5 质量管理体系

在医学实验室质量规范被日益重视的今天，通过国际性的质量体系认证代表着实验室的管理能力和质量水平，ISO（国际标准化组织）15189《医学实验室—质量和能力的专用要求》，CAP（美国病理学家学院）《实验室认可计划，LAP》以及CLIA（Clinical Laboratory Improvement Amendments）临床检验实验室改进修正案，作为国际性的医学实验室能力认证标准，也是国内众多医学实验室的目标。建议有条件的第三方检测机构均积极参与质量体系的认证。

·ISO15189

ISO15189:2003医药试验室——关于质量和能力的特殊要求，其文字表述更适用于医药实验室，同时在相关的章节中还添加了对医药实验室的有关技术方面的附加要求。

· CAP

CAP认证是指由美国病理学院（College of American Pathologists）对临检实验室进行的认可活动，所依据的标准是CAP自定的，主要参照了美国国家临床实验室标准委员会（National Committee for Clinical Laboratory Standards，NCCLS）的业务标准和操作指南。

CAP是由临床检验学家和病理学家联合组成的行业协会，被公认为医学实验室质量保证的领导者之一。CAP的一个重要内容就是组织世界各地的实验室开展能力验证活动（Proficiency Testing，PT，又称室间质评），其结果被作为医学实验室执业许可或认证的依据。

· CLIA

CLIA是（美国）临床检验改进修正案（Clinical Laboratory Improvement Amendments）的缩写。在美国，CLIA实验室主要由三家机构监管，分别是医疗保险和医疗补助服务中心（Centers for Medicare and Medicaid Services，CMS）、疾病控制和预防中心（Centers for Disease Control and Prevention，CDC）、美国食品和药物管理局（Food and Drug Administration，FDA）。

CMS负责所有财务管理和计划的行政管理，包括认证和收费、检查、执法、评审和国家豁免的批准、PT计划的批准，并制定规则。CDC负责指导CLIA相关的研究，并为CMS提供科学及技术支持和咨询服务。FDA负责对临床实验室检测项目进行分类；管理某些诊断试剂/材料、实验室信息系统使用的某些软件；并监管体外诊断试剂盒上市。

通过CLIA认证，即意味着临床实验室结果的准确性、可靠性和时效性都将得到CLIA国际标准的认可，从而为其承接更多的临床试验项目铺平道路，也意味着CLIA实验室能够根据市场的需求，快速地开发LDTs并使之在临床上得到应用。